Dne 30. září 1938 se ubytovalo ve škole československé vojsko, vytvořené v důsledku vyhlášení mobilizace dne 23. září 1938. Po několika dnech sice vojáci školu opustili a v uvolněných místnostech mohlo začít vyučování, ale vzhledem k nedostatku učitelů, kteří byli povolaní do armády, muselo být zkracováno. Tato situace trvala do konce října. Mezitím Německo zabíralo české pohraničí, odkud utíkali Češi do vnitrozemí.

Dne 15. března 1939 v časných ranních hodinách vstoupilo německé vojsko na území Československa a zahájilo jeho okupaci. O půl desáté dopoledne se objevila první německá obrněná auta ve Strážnici.  Od 15. března do 4. dubna 1939 bylo v učebnách v přízemí gymnázia a v tělocvičně ubytováno německé vojsko, takže tělocvik se vyučoval jen ve třídách. Vojáci 4. dubna odjeli, ale ve městě zůstala německá policie a pohraniční stráž, která hlídala nedalekou protektorátní hranici. Dne 1. září 1939 bylo napadeno Polsko a vypukla druhá světová válka. V listopadu 1939 Němci zakročili proti demonstrujícím studentům a při hromadném zatýkání vysokoškolských studentů v Brně byl odvezen i bývalý student gymnázia Tomáš Floryán, který byl dlouho vězněn v koncentračním táboře Oranienburgu. Gestapem byl zatčen v roce 1940 profesor a absolvent gymnázia Vladimír Klusák, který byl rovněž vězněn v koncentračním táboře. Během okupace byli uvězněni i někteří studenti, např. Oldřich Maděra, Julius Kramarics, Jan Drozd, Lubomír Svačina a Václav Konečný. Němci vystoupili proti Židům, kteří museli označit své obchody nápisem „Jüdischen Geschäft“ a byli zbaveni veřejných funkcí. V roce 1939 musela odejít z gymnázia židovská profesorka Elsa Müllerová, která za války zahynula v Osvětimi. Do roku 1940 zmizeli z gymnázia také židovští studenti. Na počátku roku 1943 byli ze Strážnice a okolí odvezeni Židé a Rómové.

Němci se snažili najít záminku k uzavření českých škol. Zatím alespoň stále snižovali stavy žáků, aby vzdělání bylo přístupné stále menšímu počtu českých studentů. Nastala postupná germanizace českého školství, muselo se rychle odstraňovat všechno, co připomínalo samostatný československý stát. Němčina, která se stala úředním jazykem, se dostala v soustavě naukových předmětů na první místo a pronikla i do jiných předmětů, jako byl dějepis, zeměpis, matematika. Žáci se učili jen německou vlastivědu, čeština se stala okrajovým předmětem stejně jako česká literatura a české dějiny. Učebnice, pokud vůbec byly ponechány, se musely korigovat, a místa, která se neshodovala s oficiálními názory, se přelepovala nebo začerňovala. Profesoři museli vyučovat v duchu nacistické ideologie, byli kontrolováni německými inspektory a trestáni za liknavost. Museli absolvovat zkoušky z němčiny a přeškolovací kurzy. Z učitelské a žákovské knihovny bylo vyřazeno velké množství cenných knih, které byly zlikvidovány. V roce 1944 byli nejstarší studenti hromadně nasazeni na nucené práce. Dne 13. dubna byla Strážnice osvobozena. V budově gymnázia byl zřízen rumunský polní lazaret a teprve 17. června byla budova uvolněna.

Gymnázium se pomalu vracelo do normálního života. Během války ztratilo řadu studentů a absolventů.

Do boje proti německým okupantům se v zahraničí zapojili jeho bývalí studenti a absolventi, např. Tomáš Zrník, Leo Štolfa, Josefina Wintrová, Pavel Winter, Josef Reichsfeld, František Ondrůj, Hanuš Rebenwurzel – Rezek, na domácí půdě bojovali Vladimír Blažíček, Ladislav Fornůsek, Marie Kudeříková. Během války zahynulo 46 židovských studentů nebo absolventů v koncentračních táborech. Jejich jména připomíná pamětní deska v budově školy.

 

Pamětní desky v budově gymnázia věnované obětem války.